Le site des Prairies et boisements du Ruisseau du Petit Varaine sur les communes de Trois-Fonds, La Celle-sous-Gouzon et Toulx-Saint-Croix est décomposé en plusieurs îlots de parcelles. Ceux-ci sont majoritairement couverts par des prairies de fauches et de pâturage ou de boisements pionniers denses. De plus une mégaphorbiaie en bon état écologique est situé le long du Ruisseau du petit Varaine au nord du site. L’enjeu principal du secteur est la protection des bosquets et haies. En effet, ce sont des habitats écologiques en déclin autour du site, notamment avec la présence de grandes parcelles agricoles privées de couvert boisé.