Le site fait partie du réseau Natura 2000 du fait de la présence d’importantes populations hivernantes de chauves-souris. Avec presque 1 millier de Barbastelle d’Europe et presque 500 Grands Rhinolophes en hiver, le site se classe directement sur les plus hautes marches du podium des sites à enjeux à l’échelle nationale pour la Barbastelle.
Si le site a été fermé en 2010 pour préserver la quiétude de ses locataires saisonniers, un Arrêté Préfectoral de Protection de Biotope a également été pris début 2013 pour proscrire toute fréquentation en période sensible. Pour autant aucun affichage sur site n’avait été installé. A l’initiative de la DDT de la Dordogne, et en lien avec la Stratégie Nationale pour les Aires Protégées (SNAP), deux panneaux ont été installés cette année aux deux entrées du tunnel pour afficher clairement la règlementation et les sanctions s’appliquant en cas de non respect.