Les intérêts écologiques majeurs de la confluence entre le Lot et la Garonne et du Pech de Berre ont été synthétisés dans un diagnostic réalisé par le CEN Nouvelle-Aquitaine (Conservatoire d’espaces naturels de Nouvelle-Aquitaine) commandité par la Communauté de communes du Confluent et des Coteaux de Prayssas.
L’ensemble de ces enjeux constitue une richesse pour le département qu’il convient de protéger et valoriser (sentiers pédagogique, livret guide…). Les inventaires réalisés et la compilation des données existantes (Fauna, CNBSA, CRBE, Locusta, naturalistes indépendants) ont permis de traiter 2537 données, soit 1040 espèces dont 65 patrimoniales, ce qui représente environ 6 % de la biodiversité régionale (façade Atlantique et Pyrénées incluses).